Encerrar tira da fila. Excluir apaga. São coisas muito diferentes.
Encerrar
No cabeçalho da conversa, Encerrar atendimento. Ao concluir: Atendimento encerrado.
A conversa sai do recorte Abertas e passa para Fechadas. Nada é apagado, e o contato não recebe nada nem percebe.
Reabrir
O mesmo botão passa a dizer Reabrir atendimento. Ao concluir: Atendimento reaberto.
Ela reabre sozinha
Se o contato escrever de novo, a conversa volta para Abertas na hora. Você não precisa fazer nada — e é por isso que encerrar não é perigoso.
Excluir
No cabeçalho, Excluir conversa. O aviso muda conforme o tipo de conexão, porque a consequência muda:
Excluir esta conversa? Em número de WhatsApp conectado por QR code: "As mensagens saem do CRM e também do aparelho conectado. O contato continua com o histórico dele." Nos demais: "As mensagens saem do CRM. O contato continua com o histórico dele."
Não dá para desfazer. E repare na diferença: no número por QR code, apagar aqui apaga também no celular que está pareado.
Quando usar cada um
Encerre no dia a dia: venda fechada, dúvida resolvida, cliente que sumiu. É reversível, o histórico fica, e o cliente reabre sozinho se voltar.
Exclua só em spam, teste e pedido do titular dos dados. Para tudo mais, encerrar é o certo.